大山阿夫利神社の御祭神は、大山祗大神、高おかみ神、大雷神です。

大山祗大神は、山の神様の代表格とも言える大神で、その娘の木花之佐久夜毘売が、霊峰富士の守り神です。
富士と大山の御祭神は、娘と父の関係になるわけで、昔から、大山と富士の一つだけに詣でるのは片参りと言われ、両方に詣でるのが良いとされてきたようです。

大山祗大神はまた、全国の産土神（うぶすながみ）の総大将とも言われており、愛媛県の大三島にある大山祗神社は、日本総鎮守とも言われています。

大山祗大神は、艮（うしとら）の金神として出て来るとも言われています。

大山祗大神を祀る代表的な神社がもう一社あり、静岡県の三嶋大社です。
御祭神は、大山祗大神と、積羽八重事代主大神（恵比寿様）の二柱です。